SNP 分型技术服务

MassArray SNP定制芯片技术服务

甲基化技术服务

Sequenom MassARRAY^®SNP基因分型定制平台

MassARRAY^®分子量阵列技术是世界上领先的基因变异分析技术。MassARRAY结合了简单、可靠的引物延伸反应和先进的 MALDI-TOF质谱技术，可以快速经济的进行基因型分析，达到目前市场上最高的准确率和性价比。基于MassARRAY^®分子 量阵列平台的iPLEX GOLD技术可以便捷的设计多达40重的基因型检测。实验设计灵活，价格低廉。截止2007年，研究人员利用MassARRAY^®分 子量阵列技术已发表了近百篇Genotyping相关文章。

MassARRAY^®实验设计软件为多重反应自动设计PCR和MassEXTEND^®延伸引物。根据待测 SNP位点设计一套引物：包括一对PCR扩增引物，及一条延伸引物 该软件设计有效性超过95%，每天可进行一万个以上实验设计。

MassEXTEND反应 
MassEXTEND^®可以在单个核苷酸水平上发现序列差别，在iPLEX GOLD实验中，所有SNP均使用同一终止反应配方和通用的反应条件，延伸的产物具有位点特异的分子量，分析软件能根据此分子量的差异决定其基因型。

MALDI-TOF MS-基于飞行时间质谱的检测技术
 

服务流程

服务优势

灵活
可以自由选择感兴趣的SNP位点
一张芯片上，样本的数量和位置可以自由选择
一张芯片上，样本和SNP位点的配对可以自由选择

准确
直接检测待测物分子量，准确度超过99.7%
质谱技术灵活检测PCR实验失败或三等位基因的存在
可重复性高
每个样品将要检测到SNP位点最适合精细定位和Microarray实验的后续研究

高通量
一张芯片上可完成384个样品的多重iPLEX GOLD实验
每个反应孔可实现多达40重反应
通量范围每天从几百到十万个基因型分析

性价比高
无需荧光标记，成本大大降低
即便在低通量的情况下每个基因型分析的成本仍然很低

便捷
高效迅速的实验流程可以对95%以上的已被证实的SNP进行实验设计
所有反应只需标准一致的PCR以及分子延伸反应条件
专业的引物设计以及基因分型软件

应用领域
个体SNP基因型分析
单体型分析
SNP基因位点频率分析

应用实例

   工作流程      

 1）基因组DNA样品处理；
      2）SNP位点的选择和评估；
      3）多重反应确定；
      4）引物的合成和质量控制；
      5）Sequenom SNP基因分型实验；
      6）SNP基因分型数据的分析。

SNP分型

SNP是英文Single Nucleotide Polymorphism的缩写，中文翻译成“单核苷酸多态性”，即指在基因组水平上单个核苷酸变异所引起的DNA序列多态性，包括单碱基的转换、颠换和插入/缺失等。

SNP是基因组DNA序列中最常见的变异形式，最大程度地代表了 不同个体之间的遗传差异，被认为是应用前景最好的遗传标记物。对它的研究将帮助我们在疾病相关基因定位，认识人种、人群、个体间的遗传差异，研究基因组结 构，研究疾病或耐药性与个体差异的关系，药物开发，临床诊断和辅助治疗，法医科学，农业资源开发，微生物株系鉴定等领域都有重要的应用。

下面我们列举了近年来SNP在一些生物领域的应用的文献，以供参考：

SNP与疾病分子诊断：

[1] CASP8基因启动子中一个6bp的插入/缺失多态性与不同癌症的易感性有关 Sun T, Gao Y, Tan W, et al. A six-nucleotide insertion-deletion polymorphism in the CASP8 promoter is associated with susceptibility to multiple cancers. Nat Genet.  2008, 40:259-60.

[2] 白介素-4受体基因的多态性与恶 性胶质瘤患者的存活率有关系 Scheurer ME, Amirian E, Cao Y, et al. Polymorphisms in the interleukin-4 receptor gene are associated with better survival in patients with glioblastoma. Clin Cancer Res. 2008, 14:6640-6.

[3] 用SNP标记高通量研究肺癌中3号染色体短臂的杂合度 丢失 Tai AL, Mak W, Ng PK, et al. High-throughput Loss-of-Heterozygosity Study of Chromosome 3p in Lung Cancer Using Single-Nucleotide Polymorphism Markers. Cancer Res. 2006, 66:4133-8.

SNP与动物分子遗传育种：

[4]利用SNP对猪的品种与血统进行 鉴定 Rohrer GA, Freking BA, Nonneman D. Single nucleotide polymorphisms for pig identification and parentage exclusion. Anim Genet. 2007, 38:253-8.

[5] CAPN1基因上的一个SNP位点与韩国牛肉的品质相关 Cheong HS, Yoon DH, Park BL, et al. A single nucleotide polymorphism in CAPN1 associated with marbling score in Korean cattle. BMC Genet. 2008, 9:33.

SNP与植物分子遗传育种：

[6] SNP位点与水稻驯化过程中落粒性丢失相关：Konishi S, Izawa T, Lin SY, et al. An SNP Caused Loss of Seed Shattering During Rice Domestication. Science, 2006, 312:1392-6

SNP与群体遗传学：

[7]人类基因组中的高分 辨率单体型图结构 Mark JD, John DR, Stephen FS, et al. High-resolution haplotype structure in the human genome. Nat Genet. 2001, 29:229-32.

[8] Y-染色体血统近期在中国北方及蒙古的扩展 Xue Y, Zerjal T, Bao W, et al. Recent spread of a Y-chromosomal lineage in northern China and Mongolia. AJHG. 2005, 77:1112-6.

SNP与新药筛选：

[9] beta 2-肾上腺受体启动子及编码区复杂的单体型结构改变受体的表达并预测在体内的反应 Drysdale CM, McGraw DW, Stack CB, et al. Complex promoter and coding region beta 2-adrenergic receptor haplotypes alter receptor expression and predict in vivo responsiveness. PNAS, 2000, 97:10483-8.

技术原理
    质谱是带电原子、分子或分子碎片按分子量（质荷比）的大小 顺序排列的图谱。质谱仪可通过对物质的分子量（质荷比）进行检测，达到区分、鉴别物质的目的。SNP位点两个等位基因之间存在分子量差异，通过分型实验将差异放 大，然后以质谱仪进行检测即可达到SNP分型的目的。

图1：飞行时间质谱检测物质分子量的原理

带电 物质无电场的真空管（Drift region）中的飞行速度与分 子量负相关，分子量越小，飞行速度越快，到达检测器（Detector）的时间越早，反之亦然。

图2：飞行时间质谱法对SNP进行分型的原理

紧挨SNP位点设计一段探针，在反应体系中以ddNTP替代dNTP，使探针仅在SNP位点处延伸一个碱基即终止。根据SNP位点的不同，探针将结合不同的ddNTP，从而具有不同的分子量，质谱仪即可检测出这种分子量差异， 从而实现SNP分型的目的。

质谱 法能同时检测多个位点。

技术优势

n   准确：质谱仪直接检测分子的本质特征之一—分子量，不需要通过荧光标记来进行间接检测；

n   灵敏：可检测低至10ng的核酸片段；

n   通量高：以384孔 板的形式进行反应，每个反应孔内最高可检测18个位点，2周最高可完成7万个反应；

n   使用普通合成的引物，不带任何标记，也无需在国外定制，即加 快了课题的进度，也降低了实验费用；

n   每个反应孔仅需10ul DNA（10ng/ul），特别适合于稀少样本；

n   污染小：一管式操作，反应体系在实验时始终在一个试管内。