紫外交联免疫共沉淀测序
产品名称： 紫外交联免疫共沉淀测序
英文名称： CLIP-seq
产品编号：
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广州市锐博生物科技有限公司
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技术简介
紫外交联免疫共沉淀测序(CLIP seq)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughputsequencing)，是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于 RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、 RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义进而应用于癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化检测。
在动物体内，成熟的单链miRNA与一系列蛋白形成miRNA诱导的沉默复合物(RISC)，结合于靶mRNA的3"-UTR区，阻止所结合的mRNA 的翻译或直接降解靶miRNA。基于这一原理，我们可以通过CLIP seq技术来进行miRNA靶基因的筛选。CLIP seq方法的应用能够非常明显地降低miRNA结合位点的假阳性预测频率并且减小miRNA结合位点搜寻空间的范围。可以在全基因组范围内鉴定AGO2蛋白在不同RNA上的结合位点。
图1 CLIP seq原理
技术特点
全转录组覆盖：与CLIP芯片相比，可在全转录组范围对蛋白结合位点进行筛选与鉴定
高灵敏度：每个样本可获得数百万条的序列标签，可发现研究转录组上稀有的蛋白结合位点
高精确率：可获得高水平的信噪比数据，准确区分真实事件与噪音，精确定位蛋白结合位点
假阳性低：相比于传统预测miRNA靶标方法，能够准确分析小RNA及靶基因
重复性好：深度测序保证了检测随机性，可不需技术重复
服务流程
生物信息学分析内容
标准信息分析
1. 去除接头序列及低质量reads的处理
2. 测序质量评估
3. 序列比对
4. 测序reads全转录组分布图
5. 结合峰鉴定
6. 结合峰基因元件分布
7. 差异结合峰检测
8. 差异结合峰相关基因GO功能富集分析
9. 差异结合峰相关基因KEGG生物通路富集分析
定制化信息分析
1. 结合峰的motif检测