随着生命科学研究从“发现”走向“验证”，对蛋白质组数据的准确性、重现性和定量能力提出了更高要求。靶向蛋白质组学（Targeted Proteomics）因此成为连接基础研究与临床转化的重要桥梁。尤其是MRM（多反应监测）和PRM（并行反应监测）技术，凭借其高度可控和可重复的特性，在生物标志物验证、伴随诊断、药物机制研究等领域得到了广泛应用。然而，这项技术虽精准，却也存在一定的“局限性”。本文将全面解析靶向蛋白质组学的主要优势与局限，并介绍百泰派克生物科技在该领域如何实现性能最优化。

一、靶向蛋白质组学的核心优势

1、高度的定量灵敏度与特异性

靶向方法通过对特定肽段和离子对进行重复扫描，实现信号增强与背景噪音降低，特别适合检测低丰度蛋白。

• MRM 利用三重四极杆平台，选择性好，适合高通量生物样本。
• PRM 基于高分辨质谱，获取完整MS/MS谱图，避免离子干扰。

百泰派克平台理论上可实现 pg/mL 级别的检测灵敏度，适配包括脑脊液、组织匀浆等在内的多种样本类型。

2、卓越的重现性与方法稳定性

靶向质谱具有良好的方法重复性与批次间一致性，适用于多中心、长期项目。

• 固定的肽段和采集窗口极大降低技术变异；
• 可通过稳定同位素标记肽（SIS）实现高精度的绝对定量，支持临床合规路径的数据生成

3、具备良好的临床转化适应性

相较于DDA等“发现型”方法，靶向蛋白组学更适合承担后期验证与量化的任务，适用于：

• 生物标志物的定量验证；
• 伴随诊断方法开发；
• 药物PK/PD（药代动力学/药效动力学）研究。

二、靶向蛋白质组学的主要局限

1、依赖先验知识，缺乏发现能力

靶向方法需基于已知蛋白序列或文献先导数据，无法用于新蛋白、新修饰或新通路机制的探索。因此，在研究初期，往往需要通过DDA或DIA策略进行靶点筛选，再进入靶向验证阶段。

2、方法开发周期长，技术门槛高

高质量靶向方法需经历多个步骤，包括：

• signature peptide 筛选；
• CE/RT参数优化；
• 内标引入与方法验证；
• 仪器调试与质控标准建立。

整个流程对技术人员的经验和质谱平台的稳定性要求较高。百泰派克提供全流程开发服务，标准项目可在7–10个工作日内交付，缩短项目周期。

3、通量受限，难以同时检测上千蛋白

目前靶向技术一般支持：

• MRM通量：50–200个靶点（在高灵敏模式下）
• PRM通量：100–300个靶点（受保留时间窗口影响）

若项目需检测>500个蛋白，更推荐使用DIA+DIA-PRM混合策略。

三、靶向蛋白质组学 vs 其他质谱策略

四、百泰派克：从“设计靶标”到“生成数据”的一站式服务

百泰派克生物科技在靶向蛋白质组学领域构建了系统性的解决方案：

• 靶标选择：根据数据库、文献或DDA结果推荐最佳signature peptide
• SIS内标合成：自有合成平台，支持高纯度稳定同位素标记肽段定制
• 方法开发与优化：成熟的MRM与PRM标准工作流，快速上线
• 数据分析与可视化：配套Skyline分析、功能注释、通路图谱构建

靶向蛋白质组学并不是“万能工具”，但在需要精准、可重复、可标准化定量的研究中，它无疑是当前最值得信赖的方法之一。科研人员应根据研究阶段、目标蛋白数量、样本复杂度等因素，合理搭配靶向与非靶向策略，提升整体研究效率。百泰派克生物科技致力于为蛋白质组定量研究提供高性能、高一致性的技术平台，助力每一位科研人员将研究成果稳步推向应用落地。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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