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AFLP标记技术是1993年由荷兰的Zabeau和Vos博士提出并完善的。现已广泛应用于生物多样性,指纹图谱的构建,遗传图谱的构建,基因克隆等诸多研究领域,显示了广阔的应用前景。AFLP与其他分子标记相比具有:1、DNA 用量少;2、可重复性好;3、多态性强;4、分辨率高;5、样品适用性广,6、对基因组序列信息依赖性低等优点。在物种的多态性分析中获得广泛的应用。AFLP的选择扩增产物目前主要通过两种方法进行分离检测,传统的聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)的方法和自动化程度较高的毛细管凝胶电泳进行检测。
PAGE方法主要是AFLP的选择扩增产物经过聚丙烯酰胺凝胶电泳得到分离,然后通过银染将条带显现出来,然后通过照相得到相应的图片,优点是引物可以是普通引物,价格相对较低,做少量样本或者大量样本的引物筛选比较合适,另外还可以对差异条带进行克隆测序,获得差异条带的序列信息。
毛细管电泳检测方法的优点是自动化,可以对大量样本进行实验,速度快,后期的条带读取可以依靠软件,降低了人为读取的标准不一。
1)AFLP服务内容
1 样本基因组DNA的提取
2 筛选多态性较好的引物(酶切,预扩,选择性扩增)
3-1 在ABI3730xl测序仪上完成数据采集
3-2 或是在JY-CX2B型 测序电泳槽上完成PAGE 检测(可以回收差异带)
4 数据分析:和客户详细沟通,确认分析方案:读取01矩阵(PAGE胶读取另外收费);聚类分析;多样性分析;多态位点数(AP)、多态位点百分率(P)、平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei′s基因多样性指数(H)、Shannon′s信息指数(I)、遗传分化度(Gst)等。利用NTSYS进行聚类分析。
2)目前已经进行的样本类型:树木,草,花卉,昆虫,鱼类,虾类,真菌等;
3)客户提供:
★ 基因组DNA:●至少15μL样品,浓度为50-100ng/μL;
●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带,没有降解;
●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化;
●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里;
●DNA溶解后,肉眼看不到杂色;
★ 植物材料: 新鲜组织,叶片采用硅胶干燥后或干冰运输;
★ 动物材料: 新鲜组织,无水乙醇封存低温运输;