临床应用案例集锦!与质谱互补的超灵敏Olink蛋白质组助力临床高水平研究,为血液蛋白质标志物的发展提供新方向-环球风云-资讯-生物在线

临床应用案例集锦!与质谱互补的超灵敏Olink蛋白质组助力临床高水平研究,为血液蛋白质标志物的发展提供新方向

作者:上海吉凯基因医学科技股份有限公司 2022-05-05T16:18 (访问量:4439)

在人类基因组计划完成之后,人类基因组绝大多数基因及其功能,都有待蛋白层面予以揭示。蛋白质处于中心法则的下游,是生命活动的最终执行者,其在生命及疾病发生/发展过程中的意义不言而喻,如同人类基因图谱的重大意义,对人类蛋白质组进行系统性研究势在必行。因此,2003年,继人类基因组计划后的一项针对基因编码产物蛋白质进行系统而深入研究的国际性科技工程——人类蛋白质组计划(HPP)宣布正式启动。首批行动计划包括我国科学家牵头的“人类肝脏蛋白质组计划”和美国科学家牵头的“人血浆蛋白质组计划”。2014年,中国人类蛋白质组计划(CNHPP)也正式启动。

人体蛋白质种类众多,存在着来源广、组成复杂等特点。然而目前基于质谱检测的蛋白质组学技术更倾向于高丰度物质的检测,容易丢失了很多低丰度蛋白与疾病关系的重要信息。新一代的Olink蛋白质组学平台应运而生,弥补了质谱在血液样本检测中的缺陷,为血液蛋白质标志物的发展提供了新的检测方向。Olink平台基于邻位延伸分析技术(PEA),既覆盖了广泛的动态范围,横跨10个log,覆盖了高、中、低丰度蛋白;又有基因组学的高通量,保留了蛋白/抗原识别的特异性,检测蛋白丰度最低可以达到fg/ml,可对疾病早筛相关的蛋白生物标志物进行多重、灵敏、高通量的检测。

Olink平台自上市以来备受瞩目,先后获得人类血浆蛋白质组官方推荐、入选“登月计划”肿瘤免疫生物标志物临床试验技术指南方法学第一梯队并获得蛋白质组学研究的推动性技术等诸多殊荣。吉凯基因可提供“Olink蛋白质组学+机器学习算法”打包产品,助力临床标志物发现,助力临床疾病的一级二级预防以及药物开发,更多详情请咨询当地销售工程师!接下来跟小编一起看看Olink技术特点吧。
一、Olink技术原理
Olink平台基于Proximity ExtensionAssay (PEA) 邻位延伸分析技术原理,抗体上带有探针,两条探针末端含有配对碱基,在延伸酶的作用下形成双链模板,利用qPCR或者NGS对探针进行定量检测,从而确定蛋白含量。

二、Olink平台技术优势
1. 微量样本&高通量:1ul血浆中可以同时检测48—384种蛋白标志物,6.4ul血浆中可以检测3000多种蛋白标志物,并即将拓展至4500 biomarkers;
2. 超灵敏:检测灵敏度低至fg/ml水平,可以在组学水平上检测疾病相关的成百上千种低丰度蛋白(尤其是血浆、血清样本中的低丰度biomarkers);
3. 靶向性:所有检测蛋白,均为生物标志物(来自于全球权威机构和专家);
4. 宽动态范围:整个Panel横跨10个log值,可以同时兼顾不同丰度的蛋白biomarkers;
5. 高重复性:使用成熟的qPCR和NGS技术作为检测手段,重复性好,数据质量高,适合大数据分析要求和临床转化应用的重复性要求;
6. 高特异:基于PEA**、质控设计和充分验证,特异性强。

三、 Olink 产品系列
Olink产品围绕以疾病或生物学设计,分为target系列和Explore系列。如果需要定制服务,可选择Focus平台。相关产品信息如下:
四、Olink 产品应用案例

科研领域目前已有超过500篇文献采用了Olink技术,涉及心血管、肿瘤、炎症与免疫、神经、代谢等多个领域。部分典型案例分享如下:

案例一
EHJ:基于Olink的大规模血浆蛋白质组学建立的模型优于临床风险模型,可改善心血管风险预测
技术:Olink 心血管II,心血管III和心脏代谢,共计panel

在1570名已确定动脉疾病的患者的两个队列中使用靶向的Olink蛋白质组学,研究显示一组50种蛋白质在预测复发性ASCVD事件方面优于临床风险模型。在派生和验证队列中,蛋白质组学模型在区分方面表现更好,同样校准良好,优于临床风险模型。总的来说,这些数据证实了在二级预防环境中蛋白质组支持的风险分层的潜力。在低CRP患者中发现了中性粒细胞相关的途径,这意味着在传统的NLRP3途径之外还存在着残余的炎症风险。
详细解读请点击往期链接>>

案例二
香港科技大学副校长叶玉如院士基于Olink的大规模血浆蛋白质组学发现并确定了用于阿尔茨海默症筛查和分期的高性能生物标志物组合
技术:Olink,心血管II,心血管III,心脏代谢,细胞调节,发育,免疫应答,炎症,代谢,神经探索,神经学,肿瘤学II,肿瘤学III和器官损伤,共计13个panel

180名≥60岁的香港市民为发现队列(106位AD患者和74位健康对照)和97名≥60岁的香港市民作为验证队列(36位AD患者和61位健康对照)。该研究使用Olink 技术对筛选和验证AD队列样本中的1160种血浆蛋白进行了分析(是迄今为止最全面的AD血浆蛋白质组研究),从而系统地研究了AD的血浆蛋白质组。研究者鉴定出19种与AD相关的血浆核心蛋白标志物,并据此开发了生物标志物模型,可准确对AD进行鉴定并确定AD患者的疾病严重程度。与现有的用于AD分类的血液生物标志物(如血浆ATN生物标志物,血浆p-tau181和p-tau217等)相比,该研究鉴定出的19蛋白标志物组合准确性更高,AUC可达 0.98,且其中7个蛋白与AD发展阶段相关,可用于AD疾病分期。



案例三
Lancet Respir Med(IF =30.7):基于Olink的大规模血浆蛋白质组学发现能够预测进行性间质性肺纤维化进展的生物标志物组合
技术:Olink,Explore 384 Inflammation panel

通过对加州大学收集的发现队列384例结缔组织疾病相关ILD、慢性过敏肺炎、或不可分类ILD患者的血浆样本在和德克萨斯大学收集的验证队列204例患者的血浆样本进行Olink靶向蛋白质组分析。研究团队同时借助机器学习算法(Machine Learning)最终发现了能够预测进行性间质性肺纤维化进展的蛋白质组特征(Proteomic Signature),该蛋白质组特征为17个基于Olink PEA技术的蛋白标志物组合,显示了基于蛋白质组的血浆和血清生物标志物在预测ILD患者进展风险方面的巨大潜力。
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吉凯基因凭借多年在靶标筛选及验证服务领域的技术积累,建立的标准化 、工程化 、系统化的GRP平台,为中国研究型医生提供科研服务,加快科研成果转化。其中,多组学平台包含蛋白质组学平台和单细胞测序平台:
·蛋白质组学平台拥有多台timsTOF Pro、Exploris 480高精度质谱仪,专业的Spectronaut Plusar、Mascot等分析软件,提供专业的4D、DIA、TMT、PRM、磷酸化修饰组和Olink蛋白质组等检测服务,强大的机器学习算法、IPA分析、蛋白基因组分析服务,系统的生物标志物、分子分型、药物靶点、基因功能研究等解决方案,真正让广大研究型医生的科研工作更省心、更省力、更高效;
·单细胞测序拥有10x和BD两个平台,提供单细胞RNA-seq、单细胞核测序、单细胞混样RNA-seq、单细胞(RNA+ATAC)、空间转录组测序等服务。
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